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resize - 如何调整 nifti（nii.gz 医学图像）文件的大小

问题描述

我有一些不同形状的 nii.gz 格式的医学图像。我想将所有的大小调整为相同的形状以供深度学习模型使用，我尝试使用 nibabel 的 resample_img()，但它破坏了我的图像。我想做一些其他功能，只是将其调整为特定形状，例如 (512,512,129)。

有人请在这方面帮助我。我被困在这一步好几天了。

标签： resizemedicalniftinibabel

解决方案

也许你可以使用这个：

https://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.transform.html

我在其中一篇论文中看到了。这是函数 ScaleToFixed 中的示例：

https://github.com/sacmehta/3D-ESPNet/blob/master/Transforms.py

这是我的做法。我有形状 320x320x130 的体积（黑色和白色，所以没有 rgb 尺寸）。我想让它变小两倍。这对我有用：

import skimage.transform as skTrans
im = nib.load(file_path).get_fdata()
result1 = skTrans.resize(im, (160,160,130), order=1, preserve_range=True)

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