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python - scipy io.mmwrite 函数避免使用科学记数法

问题描述

我正在尝试导出一个'<class'numpy.float32'>类型的稀疏矩阵，以csr格式存储，使用from scipy:io.mmwrite，它擅长处理数据的稀疏性。但是，此输出采用科学计数法：

%%MatrixMarket matrix coordinate real general
%
1719 2504 4304376
1 1 -9.0979224e-01
2 1 -1.6585451e-01

并且我想以正常浮点数获得它，以用于期望 mtx 格式的经典浮点值的后处理脚本。

有没有办法轻松实现这一目标？

我当前的解决方案涉及再次读取写入的 mtx 文件并为所有行转换第三个字段，这不是时间效率...

有没有办法指定 scipy 使用的符号？就像是 ：

np.set_printoptions(suppress=True)

我还尝试强制转换为双精度/浮点数，但找不到相关线程。

谢谢

标签： pythonfile-ioscipyformatsparse-matrix

解决方案

这是一个可能对您有用的快速技巧。（这是一个 hack，因为它覆盖了一个未真正记录为公共 API 一部分的类的私有静态方法。如果在 SciPy 的未来版本中更改了底层代码，这个 hack 可能不再起作用。）

创建一个scipy.io.mmfile.MMFile覆盖该_field_template方法的子类，以便它返回自定义格式字符串。例如

from scipy.io.mmio import MMFile


class MMFileFixedFormat(MMFile):

    def _field_template(self, field, precision):
        # Override MMFile._field_template.
        return f'%.{precision}f\n'

要使用此类编写矩阵市场文件，请将您对该函数的使用替换scipy.io.mmwrite为MMFileFixedFormat().write.

这是 ipython 会话中的一个示例。稀疏矩阵在a.

In [77]: a
Out[77]: 
<5x5 sparse matrix of type '<class 'numpy.float32'>'
    with 8 stored elements in Compressed Sparse Row format>

In [78]: a.A
Out[78]: 
array([[0.27621606, 0.        , 0.        , 0.7780487 , 0.        ],
       [0.7295764 , 0.        , 0.        , 0.        , 0.        ],
       [0.09457383, 0.        , 0.13346413, 0.        , 0.        ],
       [0.        , 0.        , 0.11267778, 0.        , 0.        ],
       [0.05113978, 0.        , 0.        , 0.9891698 , 0.        ]],
      dtype=float32)

这是写入a文件的行"a.mtx"。

In [79]: MMFileFixedFormat().write('a.mtx', a, precision=9)

看一下文件：

In [80]: !cat a.mtx                                                                                                 
%%MatrixMarket matrix coordinate real general
%
5 5 8
1 1 0.27621606
1 4 0.77804869
2 1 0.72957641
3 1 0.09457383
3 3 0.13346413
4 3 0.11267778
5 1 0.05113978
5 4 0.98916978

您可能想要调整在函数中创建的格式字符串_field_template()。具有固定小数位数的格式的一个潜在问题是，如果条目具有 value 0.00000098765432，它将被打印为0.000000099，并且0.0000000000123将被打印为0.00000000（假设您使用与precision上面示例中的相同）。

但请注意，矩阵市场文件的适当阅读器应该能够处理以科学记数法编写的数字。

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