hierarchical-data - 检查复杂层次模型的收敛性 JAGS

Question

我估计了一个具有许多随机效应的复杂层次模型，但并不真正知道检查收敛的最佳方法是什么。我有来自数百个人的复杂纵向数据，并为每个人估计了很多参数。正因为如此，我有办法对许多跟踪图进行目视检查。或者我真的应该花一天时间浏览所有的跟踪图吗？检查收敛性的更好方法是什么？我是否必须为个人级别的每个参数计算 Gelman 和 Rubin's Rhat？我什么时候可以得出模型收敛的结论？当绝对所有的参数达到收敛？期待这一点是否明智？还是有“整体收敛”之类的东西 ? 当某些人级别的参数没有收敛时，这意味着什么？使用有意义吗autorun.jags从R2jags带有这种模型的包装中提取还是会永远运行？我知道，这些问题很多，但我只是不知道如何解决。

标签： hierarchical-databayesianjagsconvergence

Answer 1

我用于收敛的度量是使用 R 包中的 gelman.diag 函数的潜在比例缩减因子 (psrf)* coda。

但是，尽管我也有成百上千的轨迹图，但我还是快速目视检查了所有轨迹图。如果您将它们放入 PNG 文件中，然后使用例如 IrfanView 快速浏览它们，它会非常快（如果您需要我对此进行扩展，请告诉我）。

Marc Kery（伟大的贝叶斯书籍的作者）的一个例子很好地描述了您应该检查跟踪图的原因：请参阅“永远不要盲目相信 Rhat 在贝叶斯分析中收敛”，这里我包含来自这封电子邮件的自我解释图像：

这与我使用 psrf 时的 Rhat 统计信息有关，但 psrf 很可能也受此影响……最好检查一下链。

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*) Gelman, A. & Rubin, DB 使用多个序列的迭代模拟推断。统计。科学。7, 457–472 (1992)。