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python-3.x - Vpython访问从pdb蛋白质文件加载的对象

问题描述

使用这个 .cif 文件：

https://files.rcsb.org/download/1MSC.cif并使用https://pypi.org/project/pdbx-mmcif/解析

使用在 python3 中使用 Vpython 7.6.1 的代码（main.py）：

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Thu Nov  11 17:40:03 2020

@author: Pietro

"""
import sys
from pdbx.reader.PdbxReader import PdbxReader

import time

from vpython import *


scene = canvas(title='Examples of Tetrahedrons',
     width=800, height=800,
     center=vector(0,0,0), background=color.black)

openz = open('./1msc.cif')

pRd = PdbxReader(openz)

data = []

pRd.read(data)

block = data[0]

atomsite = block.getObj("atom_site")

i=0
while True:
        atom =  atomsite.getValue("group_PDB",i)
        atomid = atomsite.getValue('label_atom_id',i)
        if atom =='ATOM':
            if atomid == 'CA':
                    aa = sphere(pos=vector(float(atomsite.getValue('Cartn_x',i)),float(atomsite.getValue('Cartn_y',i)),
                                           float(atomsite.getValue('Cartn_z',i))),radius=0.5)  
    
            i +=1
    
        else:
        
            break
      
print('fine')

我可以将空间中的 CA 原子显示为球体。我缺少的是如何访问由vpython创建的单球体（我理解的对象），以便能够应用类似的东西

sphere-object-number-1.color = color.red

sphere-object-number-1.color = color.blue

显然不在我为显示所有球体而创建的同一个循环中？请善待我不是 Python 专家。

标签： python-3.xobjectvpython

解决方案

一种标准方法是创建一个列表 atom = []，然后在创建球体时将其添加到列表中，如 atom.append(sphere(.....))。然后你用atoms[n]访问第n个球体，其中n从0到atoms.length-1。

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