reverse - 使用 samtools faidx 提取反向 BLAST 匹配

我正在使用 samtools faidx 提取与 BLAST 输出文件给出的范围匹配的序列（格式为表格 -outfmt 6）。不幸的是，有正向和反向的 BLAST 匹配。samtools faidx 可以毫无问题地处理前向范围。反向范围导致 samtools 给出错误消息。

语法是：

samtools faidx  file.faa  "$scaffold":"$start"-"$end"

在反向匹配的情况下（“$start”>“$end”），错误信息是：

>$Scaffold:$start-$end/rc
[faidx] Zero length sequence: $Scaffold:$start-$end

有谁知道 samtools 是否可以处理带有特定标志的反向输入？我还没有找到适合这种情况的脚本，是的，这在生物科学中应该很常见！

标签： reverseblastsamtools

我没有在 samtools 中看到云处理反向输入的任何特定“标签”。

尝试：

samtools faidx file.faa "$scaffold": "$end"-"$start"

它仍然是您想要的区域。如果您希望提取的序列反向（和互补）方向，请尝试一些在线工具。