shell - 将多个 BAM 文件转换为 BED 文件
问题描述
我在外部硬盘驱动器中有 BAM 文件。想把它们变成 BED。我正在使用
cd /media/amit/LaCie/mdc_work/chigozie/pool1/bam
for x in *.bam ; do
echo "print current:$x";
bedtools bamToBed -i "$x" > "${x%.bam}.bed";
done
echo "done"
它在目录中写入 BED 文件,但它们都是空的。我的 BEDtools 安装在
/home/amit/miniconda3/bin/bedtools
有人可以告诉我哪里出错了吗?问候。
解决方案
空bed
文件可能是由bam
没有读取的文件引起的。由于bam
标头,文件仍可能具有非零文件大小。bam
使用以下方法查找文件中的读取次数samtools
:
samtools view -c input.bam
或sambamba
:
sambamba view -c input.bam
bam
这应该将文件中的读取次数输出到 STDIN 。这两个都可以使用 安装conda
,例如:
conda create -n my_env_name samtools sambamba
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