python - 如何识别有效的 DNA 序列？

Question

我刚刚开始学习如何在 python 中编码，并将其应用于生物信息学领域。不过，我在下一个程序时遇到了麻烦：

• 首先你引入一个 dna 序列（由 g、c、t、a 和 n 组成），使用命令 dna=input("enter your sequence: ")

• 然后，我尝试确定 DNA 序列是否只有 g、c、t、a 和 n 字符（不具体按该顺序）。如果没有，我希望程序说：不对，再输入一个序列；然后让你输入一个新的序列（并重复检查过程）。如果它只有这些字符，我希望程序继续前进，但我无法做到这一点。

到目前为止，这或多或少是我所做的......它适用于具有 3 个或更多字符的序列，但是如果您在“不对，请再次输入序列：”之后写一个字母（无论哪个），它就会明白当它不是时，它是一个有效的序列。

def Start():

dna=input("Enter a sequence:  ")

for i in range(len(dna)):
    if dna[i] not in "actgn":
        dna=input("Not right, enter a sequence again:  ")
    else:
       break
print("here the program will continue")

标签： pythonpython-3.xstringloopsdna-sequence

Answer 1

尝试这个：

dna=input("Enter a sequence:  ")
sequenceCorrect = False
while not sequenceCorrect:
    sequenceCorrect = True
    for i in range(len(dna)):
        if dna[i] not in "actgn":
            sequenceCorrect = False
    if not sequenceCorrect:
        dna=input("Incorrect Sequence Please Try Again:  ")
print("here the program will continue")