r - 在 DESeq2 PCA 上为不同的 geom_point 形状添加黑色轮廓

Question

我正在使用 DESeq2 包运行 PCA，并希望在已经基于观察的形状上获得黑色轮廓。圆形的工作，但其他形状没有。

例如Make stat_ellipse {ggplot2} outline geom_point fill color 或Place aborder around points将数据绘制为一个唯一的形状。

很难给出一个可重现的例子，因为它以前在一个大数据集上执行过 PCA，但这是我运行的以下内容：

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  
geom_point(aes(PC1, PC2, color = dFe, shape = location), shape= 21, colour="black", size= 5)

我相信关键在于新层的编码geom_point

跑步scale_fill_manual I get the following

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  scale_shape_manual(values=c(21,22,23))

标签： rggplot2pcarna-seq

Answer 1

正如我在评论中提到的，使用scale_shape_manual并提供fill美学：

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, fill = dFe, shape = location)) +
    geom_point(color = 'black', size = 5) +
    scale_shape_manual(values = c(21L, 22L, 23L))