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python - 如何将字符串列表写入文本（FASTA）文件？

问题描述

我目前正在编写一个程序，该程序接收许多不同的氨基酸序列（字符串），用酶切割它们，然后返回生成的肽（许多较小的字符串）。

我已经编写了程序并且它可以工作，尽管我无法将输出写入文本文件。

例如，输入将类似于：

'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'

和输出将是这样的：

肽1

'ABCDE'

肽2

'FGHIJKLMNOP'

肽 3

'QRSTUVWXYZ'

我如何将其写入文本（fasta）文件，因为转换为字符串只是将它们全部捆绑在一起，而不是将它们与肽编号和新行上的序列分开？

string_peptides = str(all_peptides)                       
peptide_file = open(r'Cleaved Peptides.fasta', 'w+')
peptide_file.write(string_peptides)
peptide_file.close()

标签： pythonbioinformaticsfasta

解决方案

您可以先将名称加入序列，然后输出由换行符加入的内容：

all_peptides = ['ABCDE','FGHIJKLMNOP','QRSTUVWXYZ']
peptide_file = open(r'Cleaved Peptides.fasta', 'w+')
out = '\n'.join(['>Peptide' + str(i+1) + "\n" + j for i,j in enumerate(all_peptides)])
peptide_file.write(out)
peptide_file.close()

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