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python - 如何从 pandas 数据帧计数矩阵创建 AnnData 对象？

问题描述

我正在尝试使用 Scanpy Python 包来分析一些单细胞数据。我在 Pandas 数据框中读取了一个计数矩阵（一个 .tsv 文件），其中基因作为列，行作为不同的单元格。每行包含单个细胞的不同基因的计数。我想从 Pandas 数据框中创建一个 AnnData 对象...有人知道我该怎么做吗？不幸的是，我无法提供数据集。

标签： pythonpandasscanpy

解决方案

您可以通过这种方式将 DataFrame 转换df为 AnnData adata：

adata = anndata.AnnData(X: df.iloc[1:,1:],
                        obs: df.iloc[:,0:1],
                        var: df.iloc[0:1,:])

但你真的不需要这样做。相反，直接将 tsv 文件读入一个 AnnData 对象：

with open("your_tsv_file.tsv") as your_data:
    adata = anndata.read_csv(your_data, delimiter='\t')

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