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r - 如何将我的 cox.zph(cpfit.sd) 输出作为 csv 文件而不是仅在控制台中

问题描述

这是我的 cox 模型的脚本：

# Fit a Cox model (Use data=int.data if you want to include the intensities from a measurement channel in the cox model)
cpfit.sd <- coxph(Surv(Time,Event)~Sci_SampleID,data=prim.data)
cph.pval <- summary(cpfit.sd)$coef
cph.hr <- summary(cpfit.sd)$coefficients
summary(cpfit.sd)
cox.zph(cpfit.sd)

lrtest <- survdiff(Surv(Time, as.logical(Event)) ~ Sci_SampleID,data=prim.data,rho=0) lrtest

我想将上面的输出数据导出为 csv 文件。

我能够做到以下几点： write.csv(cph.hr,paste(root.dir,output.file,sep=""))

但是，这并没有给我完整的数据集，也不允许我对 cox.zph 文件执行类似的功能。我总是收到这个错误：

as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) 中的错误：无法将“cox.zph”类强制转换为 data.frame

谢谢您的帮助！

标签： rsurvival-analysis

解决方案

我觉得broom::tidy可能比summary.

cph.hr <- broom::tidy(fit, conf.int = TRUE, exponetiante = TRUE)
write.csv(cph.hr, "cph_hr.csv")

对于 cox.zph 对象，您可以尝试：

zph<- cox.zph(cpfit.sd)$table
write.csv(zph, "zph.csv")

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