python - 将 numpy.ndarray 输出为 csr 文件

Question

我正在尝试将 numpy ndarray 输出为 CSR 文件（这是一个中间阶段，我正在尝试使用需要 CSR 格式作为输入的程序）。

到目前为止，我已经尝试使用scipy.sparse.coo_matrix()以下代码写入 ijv 文件：

pca_coo = scipy.sparse.coo_matrix(pca_result)
with open(project + '/matrix/for_knn.jiv', 'w') as f:
    for row, col, val in zip(pca_coo.row, pca_coo.col, pca_coo.data):
        t= f.write("{}\t{}\t{}\n".format(row, col, val))

上述代码产生的文件导致下游程序出现段错误。

我现在假设问题出在输出格式上，但我无法找到问题所在。

编辑：在下面回答。

标签： pythonnumpyscipysparse-matrixsparse-file

Answer 1

一位朋友帮我解决了以下问题：

def write_csr(C, outputname):
    """
    writes out a csr matrix to a file (for use with l2knng).
    C = csr matrix
    outputName = output file name
    """
    with open(outputname, 'a') as OUTFILE:
        for i in range(0,C.shape[0]):
            sub = C[i,]
            outstr = ""
            for j in range(0,sub.size):
                outstr += " " + str(sub.indices[j]+1) + " " + str(sub.data[j])
            outstr += "\n"
            _ = OUTFILE.write(outstr)

似乎运作良好。