python - 需要计算“AGAT”“AATG”和“TATC”在具有 DNA 序列的 .txt 文件中重复的次数

Question

这是我的第一个编码课程，每次给定的一个出现在 DNA 序列中时，我都无法让计数器增加。

到目前为止我的代码：

agat_Counter = 0
aatg_Counter= 0
tatc_Counter= 0
DNAsample = open('DNA SEQUENCE FILE.txt', 'r');
for lines in DNAsample:
    if lines in DNAsample=='AGAT':
        agat_Counter+=1
    else:
        agat_Counter+=0
print(agat_Counter)
    
for lines in DNAsample:
    if lines in DNAsample=='AATG':
        aatg_Counter+=1
    else:
        aatg_Counter+=0
print(aatg_Counter)
for lines in DNAsample:
    if lines in DNAsample=='TATC':
        tatc_Counter+=0
    else:
        tatc_Counter+=0
print(tatc_Counter)

标签： pythoncounterdna-sequence

Answer 1

您可以通过多种方式做到这一点。其中一个更简单的是：

DNAsample = open('DNA SEQUENCE FILE.txt', 'r').read()
agat_Counter = DNAsample.count('AGAT')
aatg_Counter= DNAsample.count('AATG')
tatc_Counter= DNAsample.count('TATC')