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environment-variables - 在 Slurm 中将 $USER（或等效项）传递给 --chdir 的方法

问题描述

问题

我正在尝试创建一个脚本，该脚本--chdir使用变量自动设置运行 sbatch 命令的目录。我的目标是创建一个模板文件，让经验不足的用户轻松运行我的代码。

环境

在我运行的系统中，所有用户都有一个分配给他们的大文件存储目录，看起来像/path/$USER. 路径不是$HOME目录，也不会作为环境变量存储在其他地方。所有用户都分配有一个 Slurm 帐户，其中 Slurm 用户名匹配$USER。这意味着特定于 Slurm 的变量%u与$USER.

最小（非）工作示例

#!/bin/bash

#SBATCH --partition=debug_5min
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem=4000
#SBATCH --output=jobname_%J_stdout.txt
#SBATCH --error=jobname_%J_stderr.txt
#SBATCH --time=00:05:00
#SBATCH --job-name=user_pass
#SBATCH --chdir=/path/%u
#
################################################

touch testfile.txt

MnWE的结果

批处理执行，并且在运行完成时不生成任何文件（testfile.txt、stdout、stderr）。如果我对此测试脚本进行一些挖掘，我会被告知运行失败并且输出被重定向到/tmp/.

什么有效，但没有达到目标

我可以在脚本之前通过，而不是sbatch test.sh直接执行--chdir，允许我使用$USER. 该命令如下所示：

sbatch --chdir=/path/$USER test.sh

但这并没有解决最初的目标，即制作一个不需要最终用户在害怕终端时想太多的脚本。

问题 - 重述

有没有办法在--chdirsbatch 标头中使用变量？

为什么%u不像我预期的那样表现？

标签： environment-variablesslurmsbatch

解决方案

一种解决方案可能是将--chdir参数替换为对命令的调用，并为and指令cd提供绝对路径：--output--error

#!/bin/bash

#SBATCH --partition=debug_5min
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem=4000
#SBATCH --output=/path/%u/jobname_%J_stdout.txt
#SBATCH --error=/path/%u/jobname_%J_stderr.txt
#SBATCH --time=00:05:00
#SBATCH --job-name=user_pass
#
################################################
cd /path/$USER || exit -1 
touch testfile.txt

至于您重述的问题，Bash 不会扩展#SBATCH ...行中的变量，因为这些变量被解释器视为注释，并且 Slurm 不会做这项工作。

并且该--chdir参数根本不接受模式（如%u）；只有简单的字符串。

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