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for-loop - 将蛋白质序列的权重与正确的序列配对

问题描述

这段代码是一个更大函数的一部分。我已经创建了一个分子量列表，并且我还定义了我数据中所有片段的列表。我试图弄清楚如何浏览片段列表，计算它们的分子量并检查它是否与另一个列表中的数字匹配。如果匹配，则将该序列附加到一个空列表中。

combs = [397.47, 2267.58, 475.63, 647.68]
fragments = ['SKEPFKTRIDKKPCDHNTEPYMSGGNY', 'KMITKARPGCMHQMGEY', 'AINV', 'QIQD', 'YAINVMQCL', 'IEEATHMTPCYELHGLRWV', 'MQCL', 'HMTPCYELHGLRWV', 'DHTAQPCRSWPMDYPLT', 'IEEATHM', 'MVGKMDMLEQYA', 'GWPDII', 'QIQDY', 'TPCYELHGLRWVQIQDYA', 'HGLRWVQIQDYAINV', 'KKKNARKW', 'TPCYELHGLRWV']
frags = []

for c in combs:
  for f in fragments:
    if c == SeqUtils.molecular_weight(f, 'protein', circular = True):
      frags.append(f)
print(frags)

我猜我不完全知道 SeqUtils.molecular_weight 命令在 Python 中是如何工作的，但如果有另一种方式也很好。

标签： for-loopbiopython

解决方案

您正在比较浮点值是否相等。那是注定要失败的。在处理浮点值时，您总是需要考虑某种程度的错误。在这种特殊情况下，您还必须考虑输入值的误差范围。

所以不要像这样比较浮点数

x == y

而是像这样

abs(x - y) < epsilon

哪里epsilon是一些精心挑选的任意数字。

我对您的代码做了两处细微的修改：我交换了f和c循环的顺序，以便能够存储w. 为了更好地了解正在发生的事情，我还将 的值附加w到列表中。frags

您修改后的代码现在如下所示：

from Bio import SeqUtils

combs = [397.47, 2267.58, 475.63, 647.68]
fragments = ['SKEPFKTRIDKKPCDHNTEPYMSGGNY', 'KMITKARPGCMHQMGEY', 'AINV', 'QIQD', 'YAINVMQCL', 'IEEATHMTPCYELHGLRWV',
             'MQCL', 'HMTPCYELHGLRWV', 'DHTAQPCRSWPMDYPLT', 'IEEATHM', 'MVGKMDMLEQYA', 'GWPDII', 'QIQDY',
             'TPCYELHGLRWVQIQDYA', 'HGLRWVQIQDYAINV', 'KKKNARKW', 'TPCYELHGLRWV']

frags = []
threshold = 0.5
for f in fragments:
    w = SeqUtils.molecular_weight(f, 'protein', circular=True)
    for c in combs:
        if abs(c - w) < threshold:
            frags.append((f, w))
print(frags)

这打印结果

[('AINV', 397.46909999999997), ('IEEATHMTPCYELHGLRWV', 2267.5843), ('MQCL', 475.6257), ('QIQDY', 647.6766)]

如您所见，权重的第一个值与参考值相差约 0.0009。这就是为什么你没有用你的方法抓住它。

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