python - Networkx 没有按属性正确着色边缘
问题描述
我试图在networkx中描绘一个传输网络,到目前为止我一直做得很好,但问题如下:我从一个txt文件加载了一个edgelist,格式如下:
61 1
54 79
66 134
68 57
等等。另外,为了在正确的位置绘制网络节点,我已经加载并添加到 Graph 一个带有节点坐标的 txt,格式如下:
1 478947.434 4204495.502
2 478909.145 4204244.629
3 479065.936 4204709.003
4 478880.827 4204297.676
5 478993.409 4204167.957
之后,我运行以下脚本,我的网络按位置正确描绘。
import networkx as nx
import numpy as py
import copy
import matplotlib.pyplot as plt
import xlwings as xw
from xlwings import Book, Range
pos={}
with open(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\nodes_coordinates.txt') as f:
for line in f:
node, x, y = line.split()
pos[node] = float(x), float(y)
print(pos)
network0 = nx.read_edgelist(r'C:\Users\alexl\Documents\new_python\init_edgelist.txt', create_using = nx.OrderedDiGraph)
nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = G, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle = 'arc3,rad=0.1')
plt.show()
现在,我想要的是正确地为每条边分配“权重”,并通过这个属性对其进行着色。对于每条边,都有 3 种可能的结果,0、1 和 2,所以我想要 3 种不同的颜色,例如,红色代表 0,绿色代表 1,蓝色代表 2。我拥有的是这样的 Python 字典:
{0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0,...
等等。第一个值 (1.0) 对应于上面 edgelist 的第一个边缘,第二个 (1.0) 对应于第二个,等等。但我看到 networkx 不理解这一点并且没有正确着色我的网络。我将字典转换为列表并执行了以下操作:
var1 = G.values()
list1 = list(var1)
col = []
for n in range(len(list1)):
if list1[n] == 0:
col.append('b')
elif list1[n] == 1:
#col.append('r')
else:
#col.append('g')
nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = col, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle = 'arc3,rad=0.1')
我检查了结果,但对应的不是正确的。我认为,如果列表中有 32 个“0”,它会使用我分配给它的颜色为 32 个边缘着色,但不是正确的边缘。(但每次我运行它时,相同的 32 条边都以这种方式着色,所以它可能不是随机的。)我想知道什么是不正确的。我也尝试将它作为字典(不转换为列表),但实际上颜色超过 3,我不知道为什么。我是否应该尝试将这些值(0、1、1、2 等)添加到 edgelist.txt 以便正确完成分配?
解决方案
传递给绘图函数的边的顺序很重要。
您需要确保您的edge_color
list( col
) 与 的顺序相同network0.edges
,但事实并非如此。
发生这种情况是因为与您可能假设的文件network0.edges
顺序不同。init_edgelist.txt
要检查这一点,请尝试打印network0.edges
和比较。
解决方案
相反,我建议在创建时将具有假装颜色的边缘权重添加到边缘network0
,如下所示:
G = {0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0}
list1 = list(G.values())
col = []
for n in range(len(list1)):
if list1[n] == 0:
col.append('b')
elif list1[n] == 1:
col.append('r')
else:
col.append('g')
network0 = nx.OrderedDiGraph()
i = 0
with open(r'init_edgelist.txt') as f:
for line in f:
n1, n2 = line.split()
network0.add_edge(n1, n2, color = col[i])
i += 1
然后你只需要提取颜色并绘制:
colors = [network0[u][v]['color'] for u,v in network0.edges()]
nx.draw(network0, pos = pos, with_labels = True, edge_color = colors, edge_cmap = plt.cm.Reds, connectionstyle='arc3,rad=0.1')
完整代码:
import networkx as nx
import numpy as py
import copy
import matplotlib.pyplot as plt
import xlwings as xw
from xlwings import Book, Range
pos={}
with open(r'nodes_coordinates.txt') as f:
for line in f:
node, x, y = line.split()
pos[node] = float(x), float(y)
#print(pos)
G = {0: 1.0, 1: 1.0, 2: 0.0, 3: 1.0, 4: 1.0, 5: 0.0, 6: 0.0, 7: 0.0, 8: 1.0}
list1 = list(G.values())
col=[]
for n in range(len(list1)):
if list1[n] == 0:
col.append('b')
elif list1[n] == 1:
col.append('r')
else:
col.append('g')
network0 = nx.OrderedDiGraph()
i = 0
with open(r'init_edgelist.txt') as f:
for line in f:
n1, n2 = line.split()
network0.add_edge(n1,n2, color=col[i])
i += 1
#print(network0.edges())
colors = [network0[u][v]['color'] for u,v in network0.edges()]
nx.draw(network0,pos=pos,with_labels=True,edge_color=colors,edge_cmap=plt.cm.Reds, connectionstyle='arc3,rad=0.1')
推荐阅读
- reactjs - React 找不到模块
- sqlite - 使用 Lua 打开内存中现有的 SQLite 数据库
- amp-html - Amp 分析 encodeURIComponent 用于跟踪像素
- php - NodeJS 如何对 Buffer 进行哈希处理?
- android - 测试包含 CompositeDisposable 的演示者
- biztalk - 输入和输出显示如何在 BizTalk 中链接并且没有连接?
- c - 迭代器不属于它们分配的文本缓冲区
- javascript - 如何创建具有多种功能的书签
- c++ - 有没有办法访问 C++ 复数类的私有成员变量?
- javascript - 没有 jquery ui 并具有指定句柄的可拖动