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r - Rscript & rstan 作为 cron 作业运行时的不同行为

问题描述

我尝试定期运行 R 脚本来更新网页。当从终端调用时，脚本运行良好，如下所示：

/usr/local/bin/Rscript /Users/me/path/myscript.R

但是，如果我尝试将其作为 cron 作业运行，则会出现错误。我像这样将作业添加到 crontab：

46 10 * * * /usr/local/bin/Rscript '/Users/me/path/myscript.R'  >> '/Users/me/path/mylog.log' 2>&1

该脚本确实在 R 中运行，但由于错误而中止。具体来说，我使用 rstan 拟合了一些模型，并得到了初始化错误。（该错误仅适用于某些模型，而其他模型仍然运行良好。）初始化值根据定义是有效的，但似乎没有正确使用。就像 rstan 在通过 cron 运行时所做的数学运算不同（并且是错误的）。

无论我是在终端中运行脚本还是作为 cron 作业运行，来自 R 的会话信息都是相同的。我的问题是根据脚本的运行方式，还有什么可能会有所不同。作为 cron 作业运行时，rstan 是否可以使用不同版本的 C++？我可能需要设置其他路径才能使其正常工作吗？

更新：如果我在终端中使用该脚本也可以工作R CMD BATCH，但如果我R CMD BATCH在 cron 作业中使用则不能。使用launchd会触发相同的问题。我也尝试过使用CmdStanthrough cmdstanr，同样的事情发生了：在添加到 cron 作业之前运行良好。

编辑 2：我认为在 cron 中运行良好的模型实际上并不好。结果是错误的，直到我使用下面解释的修复程序。

标签： rmacoscronrscriptstan

解决方案

看起来我终于设法解决了这个问题，我在这里为遇到同样问题的任何人发布我的解决方案。

我env在终端中运行以查看我当前的用户环境。我将完整的输出复制粘贴到我的 crontab 文件的顶部。（仅仅添加 PATH 变量是不够的。我想是 SHELL 或者可能是 PATH 和 SHELL 都起到了作用，但我没有进一步探索。）

要编辑我的用户的 crontab，我运行crontab -e，然后按i编辑文件，粘贴文件env顶部的所有内容，按 停止编辑ctrl + c，然后键入:wq并按 Enter 退出。

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