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python - 使用列名中的唯一前缀过滤数据框中的特定值（例如“UniqueID_commonsuffix”）

问题描述

我有一个包含 > 300 个唯一样本的数据框，每个样本有 2 列类似信息，我想在每个样本的其中一列中过滤 34 个特定值。我已包含数据的屏幕截图以帮助可视化此问题。我基本上想生成一个新的数据框，其中仅包含我指定的 34 个值中的信息。如果这个问题难以理解，我很抱歉，我希望截图有助于更好地定义问题。截屏

在此屏幕截图中，每个带有“sampleID_r.variant”的列都需要针对我在单独数据框中的特定值进行过滤。我感兴趣的只有 34 个。这样，我想将相应的值连同它一起存储在“sampleID_reads”列的左侧，就像字典一样。如果有人可以提供帮助，我将不胜感激。太感谢了。

编辑： 原始数据框采用以下格式：

sampleID_reads sampleID_r.variant
1 r.79_80ins79+1_79+76
64 r.79_80ins79+10857_79+10938
53 r.79_80ins80-13725_80-13587
72 r.79_80ins80-5488_80-5435
16 r.79_80ins79+2861_79+2900

34 个样本采用以下格式：

r_dot
r.646_729del
r.-19_-18ins-19+428_-19+535
r.-25_-20del
r.4186_4188del
r.5333_5406del
...等等等等

标签： pythonpandasdataframefilteringdata-munging

解决方案

这是一些示例数据

d = {'sample1_reads': [1, 64, 53, 72, 16],
    'sample1_r.variant': ['r.79_80ins79+1_79+76', 'r.79_80ins79+10857_79+10938', 
                         'r.79_80ins80-13725_80-13587', 'r.79_80ins80-5488_80-5435', 'r.79_80ins79+2861_79+2900'], 
    'sample2_reads': [0, 3, 6, 9, 11], 
    'sample2_r.variant': ['r.5333_5406del', 'r.4186_4188del', 'r.5333_54106del', 'r.2345_2345fad', 'r.65456_w56sjfy']}
df = pd.DataFrame(d)
rdot = pd.DataFrame(['r.79_80ins79+1_79+76', 'r.646_729del', 'r.5333_5406del', 'r.79_80ins80-5488_80-5435', 'r.79_80ins79+2861_79+2900'], columns=['r_dot'])

如果您只想根据第二帧过滤第一帧，那么您可以执行以下操作

# reshape your current data frame 
new_df = pd.DataFrame(df.values.reshape((-1,2)), columns=['reads', 'variant'])
# use boolean indexing to filter your new data frame
df_f = new_df[new_df['variant'].isin(rdot['r_dot'])]

  reads                    variant
0     1       r.79_80ins79+1_79+76
1     0             r.5333_5406del
6    72  r.79_80ins80-5488_80-5435
8    16  r.79_80ins79+2861_79+2900

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