r - 我在 R 中的 Deseq2 包中工作并尝试使用 write.csv(dataframe, file="file.csv") 导出数据,但无法获取文件中的数据
问题描述
resSig <- subset(res, res$padj < 0.05 )
使用此代码,我创建了一个向量 resSig
head( resSig[ order( resSig$log2FoldChange ), ], 500)
我打印前 500 个基因
baseMean log2FoldChange lfcSE stat pvalue padj
<numeric> <numeric> <numeric> <numeric> <numeric> <numeric>
ENSG00000096006 1987.812 -14.1212 1.286311 -10.97807 4.87215e-28 5.77837e-25
ENSG00000170477 125694.012 -11.3416 0.519680 -21.82421 1.36677e-105 1.37784e-101
ENSG00000143536 7731.399 -11.2569 1.504429 -7.48249 7.29248e-14 7.90489e-12
ENSG00000016602 5531.968 -10.5545 0.417882 -25.25705 9.47707e-141 1.91077e-136
ENSG00000178690 151.547 -10.4074 1.255369 -8.29030 1.12959e-16 2.01547e-14
... ... ... ... ... ... ...
现在,我正在尝试将此数据导出到 csv 文件
解决方案
您应该首先将数据存储到数据框中,然后调用 write.csv()
resSig <- subset(res, res$padj < 0.05 )
resSig<-resSig[ order( resSig$log2FoldChange ),]
resSig_top500<-resSig[1:500,]
write.csv(resSig_top500,"resSig_top500.csv")
干杯
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