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r - R中系统发育重建中的混合数据分区

问题描述

让我们有两个矩阵，一个是 DNA 序列比对，一个是由二进制字符组成。

dna <- matrix(c("a", "a", "a", "t", "a", "a", 
                "t", "t", "a", "g", "c", "c"), 
              ncol = 4, dimnames = list(LETTERS[1:3], NULL))

bi <- matrix(c(0,0,1,0,1,1,1,0,0,1,0,0), 
             ncol = 4, dimnames = list(LETTERS[1:3], NULL))

我们可以用包重建系统发育关系phangorn：

library(phangorn)
dnatr <- optim.pml(pml(tree = rtree(3, tip.label = LETTERS[1:3]), 
                       data = phyDat(dna)), 
                   optNni = TRUE)
bitr <- optim.pml(pml(tree = rtree(3, tip.label = LETTERS[1:3]), 
                      data = phyDat(bi, type= "USER", levels = c(0,1))),
                  optNni = TRUE)

函数phangorn::pmlPart应该运行分区分析，但它不结合分区中的系统发育信息来重建单个系统发育。

tr = pmlPart(~ edge + nni, object = list(dnatr, bitr))

如何设置使用混合数据类型（DNA 序列和二进制字符）的分区分析？

标签： rphylogeny

解决方案

你快到了，下面的代码应该可以工作：

tr = pmlPart(edge + nni ~ . , object = list(dnatr, bitr))

不幸的是，关于 CRAN 的文档有点过时了。请确保您安装了来自 github ( )的最新开发版本的phangorn 。remotes::install_github("KlausVigo/phangorn")

PS：对于树重新排列，您至少需要 4 个提示，因此您的示例将忽略nni术语。

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