r - 有人可以引导我完成 plotMA 功能吗？

Question

这听起来有点愚蠢，但我是 R 的新手，我需要用我得到的一些 DE-Seq 数据制作 MA Plot。

这是一些数据的示例：

基因名称	意思是	log2foldchange	帕杰
dop-1	110.53	0.27	0.20
dop-2	208.23	0.36	0.04
dop-3	158.59	0.61	0.01

如果有人能善意地引导我完成如何做到这一点，我将永远感激不尽。我已经尝试过自己，但遇到了无数错误，例如：

.local(object, ...) 中的错误：当使用 data.frame 调用时，plotMA 期望数据框有 3 列，两个数字表示平均值和对数倍数变化，一个逻辑表示显着性。

任何帮助将非常感激 ：）

亲切的问候，山姆

标签： rplotgenome

Answer 1

从help("plotMA")中，我们了解到plotMA()需要一个恰好包含 3 列的 data.frame：均值、对数倍数变化和一个用于显着性的逻辑列。

你有平均数，对数倍数变化和调整后的 p 值。所以你需要做一个重要性列：

data$sig <- data$padj < 0.05

现在您可以将这三列传递给plotMA：

library(DESeq2)
plotMA(data[,c("Mean","log2foldchange","sig")])

样本数据：

data <- structure(list(gene_name = c("dop-1", "dop-2", "dop-3"), Mean = c(110.53, 
208.23, 158.59), log2foldchange = c(0.27, 0.36, 0.61), padj = c(0.2, 
0.04, 0.01)), row.names = c(NA, -3L), class = "data.frame")