linux - 使用 conda 环境在 qsub 中运行作业

Question

我想qsub用来提交一个运行一些使用 Numpy 的 Python 代码的作业。Numpy 安装在我登录集群时激活的 conda 虚拟环境中，如果我只需调用import numpyPython 命令行解释器，我就可以导入它。

但是，当我使用 提交作业时qsub，它会尝试在不使用该环境的情况下运行作业。经过一些测试，如果我使用该选项qsub传递所有变量，我似乎可以在正确的环境中运行东西。-V

但是，这会混淆脚本的其他部分。如果我可以只传递在qsub正确环境中运行所需的内容，那就更好了。我怎样才能做到这一点？

PS这里提出的解决方案对我不起作用；错误是Unable to locate a modulefile for 'numpy'。我假设它不在当前路径中，但我不确定它在哪里。

标签： linuxcondaqsub

Answer 1

我现在有办法了。在提交的脚本中，qsub我添加了两行让它重新加载环境。

source [Intel Parallel Studios script that sets up conda environment variables]
source activate my_root