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r - 如何在服务器中运行带有 `for` 和 `R` 代码的 bash 脚本，我可以退出终端并且不会终止进程？

问题描述

上下文：我正在通过 R 运行一个模拟，每次重复都需要很长时间并且很消耗内存。因此，我需要每次重复 R 中的另一个会话开始，这样我就不会遇到内存问题。

我的问题：从终端执行我的 bash 脚本后，exit当前的重复成功完成，但下一个没有开始（我正在通过服务器在服务器上运行它ssh）。

我做了什么：

compoisson.shbash脚本：

#!/bin/bash

for rho in $(seq 1 3); do
    for rep in $(seq 1 200); do
         Rscript Teste.R $rho $rep
    done
done

在终端中（通过 ssh user@domain... 进入后）：

chmod +x compoisson.sh
sh compoisson.sh &
exit

我的Teste.R脚本（内容不重要，可能是空文件）：

rm(list=ls())
library(TMB)
# library(TMB, lib.loc = "/home/est/bonat/nobackup/github")
model <- "04_compoisson_bi" #1st try
compile(paste0(model, ".cpp"), flags = "-O0 -ggdb")
dyn.load(dynlib(model))
## Data simulation -------------------------------------------------------------
nresp <- 2; beta1 <- log(7);beta2 <- log(1.5);nu1 <- .7
nu2 <- .7;n <- 50;s2_1 <- 0.3;s2_2 <- 0.15;true_rho <- 0
sample_size <- 1000
openmp(4)
args <- commandArgs(TRUE)
rhos <- c(-.5,0,.5)
true_rho <- rhos[abs(as.numeric(args[1]))]
j <- abs(as.numeric(args[2]))
seed <- 2109+j
res_neg <- simulacao(nresp, beta1, beta2, true_rho, s2_1, s2_2, seed, sample_size = sample_size, model, nu1=nu1, nu2=nu2, j = j) # 1 by time
saveRDS(res_neg, file = paste0(getwd(), "/Output/output_cmp_rho", true_rho, "n", sample_size, "j", j, ".rds"))

一个重要的细节是我需要通过ssh. 我在我的电脑上用一个空.R文件做了一个小测试，我也能看到通过htop. 在服务器上，它没有发生。

我也尝试nohup运行我的compoisson.sh文件（question1，question2），但我没有任何成功。我的测试：

nohup compoisson.sh & 
ignoring the entrance and attaching the output to 'nohup.out'
nohup: failt to execute the command 'compoisson.sh': File or directory does not exists.

我究竟做错了什么？

标签： rbashubuntuserver

解决方案

用nohup ./compoisson.sh &代替解决sh compoisson.sh &

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