r - 使用 R pwr 包绘制功率与效果大小的关系

Question

我可以使用 pwr 包在 R 中成功创建功率与样本大小的关系图。下面的示例代码。

library(pwr)
library(tidyverse)

plot.out <- pwr.t2n.test(n1=30, n2=30, d=0.5, alternative="two.sided")

#See output in link below
plot(plot.out)

绘图（）输出

我想创建一个类似的图 - 一个两样本 t 检验，其中效果大小在 y 轴上，功率在 x 轴上，样本大小固定。

有没有办法使用 pwr 和/或 plot 函数来做到这一点？或者我是否必须取消列出 plot.out 对象并以某种方式使用它？

我对 R 中的功率曲线仍然很陌生。在此先感谢您的任何建议。

标签： rplot

Answer 1

在下面的代码中，功率是在效果大小的循环中计算的d_seq。然后d从结果列表中提取幂，创建并绘制一个 data.frame。

library(pwr)
library(ggplot2)

d_seq <- seq(0, 2, by = 0.1)
pwr_list <- lapply(d_seq, function(d){
  pwr.t2n.test(n1 = 30, n2 = 30, 
               d = d,
               power = NULL,
               sig.level = 0.05, 
               alternative = "two.sided")
})
pwr <- sapply(pwr_list, '[[', 'power')

dfpwr <- data.frame(power = pwr, effect.size = d_seq)

ggplot(dfpwr, aes(effect.size, power)) +
  geom_point(size = 2, colour = "black") +
  geom_line(size = 0.5, colour = "red") +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent) +
  xlab("effect size") +
  ylab(expression("test power =" ~ 1 - beta))

---

要绘制一条功率为 80% 的线并获得效果大小，首先pwr通过线性插值从向量计算效果大小。

pwr80 <- approx(x = pwr, y = d_seq, xout = 0.8)

现在为它创建一个标签geom_text并绘制它。

lbl80 <- paste("Power = 80%\n")
lbl80 <- paste(lbl80, "Effect size =", round(pwr80$y, 2))

ggplot(dfpwr, aes(effect.size, power)) +
  geom_point(size = 2, colour = "black") +
  geom_line(size = 0.5, colour = "red") +
  geom_hline(yintercept = 0.8, linetype = "dotted") +
  geom_text(x = pwr80$y, y = pwr80$x, 
            label = lbl80,
            hjust = 1, vjust = -1) +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent) +
  xlab("effect size") +
  ylab(expression("test power =" ~ 1 - beta))

要绘制垂直线，请添加

geom_vline(xintercept = pwr80$y, linetype = "dotted")