r - DCA：使用自动绘图或 ggplot2 标记点

Question

我发现很难在 autoplot 或 ggplot 中为带有 DCA 的站点添加标签。
我还想根据它们的组来区分 autoplot/ggplot 上的点。
这是我使用的数据和代码，它运行良好，直到自动绘图/ggplot 的命令：

library(vegan)
data(dune)
d <- vegdist(dune)
csin <- hclust(d, method = "single")
cl <- cutree(csin, 3)
dune.dca <- decorana(dune)
autoplot(dune.dca)

这是获得的自动绘图：

我正在使用简单的编码，我尝试了这些代码，但它们并没有引导我到任何地方：

autoplot(dune.dca, label.size = 3, data = dune, colour = cl)
ggplot(dune.dca(x=DCA1, y=DCA2,colour=cl))
ggplot(dune.dca, display = ‘site’, pch = 16, col = cl)
ggrepel::geom_text_repel(aes(dune.dca))

如果有人有一个简单的建议，那就太好了。

标签： rggplot2labelmultivariate-testingautoplot

Answer 1

通过添加的信息（包），我能够深入挖掘。

问题是（简而言之）autoplot.decorana将数据添加到特定层（geom_point或geom_text）。这不会继承到其他层，因此添加其他层会导致空白页。

基本上注意到下面的 2 个代码字符串之一会导致错误，并注意data参数的位置：

# Error: 
ggplot() + 
  geom_point(data = mtcars, mapping = aes_string(x = 'hp', y = 'mpg')) +
  geom_label(aes(x = hp, y = mpg, label = cyl))
# Work:
ggplot(data = mtcars) + 
  geom_point(mapping = aes_string(x = 'hp', y = 'mpg')) +
  geom_label(aes(x = hp, y = mpg, label = cyl))

ggvegan:::autoplot.decorana像示例中一样放置数据，返回错误。

我看到了解决这个问题的两种方法：

1. ggplot_build使用或提取图层数据layer_data并创建整体或单层映射。
2. 提取用于生成数据的代码，并手动创建我们的绘图（不使用autoplot）。

老实说，我认为第二个更简单，因为我们可能必须提取更多信息才能使我们的数据变得合理。通过查看源代码ggvegan:::autoplot.decorana（只需通过省略括号将其打印到控制台），我们可以提取以下代码，该代码生成与图中使用的数据相同的数据

ggvegan_data <- function(object, axes = c(1, 2), layers = c("species", "sites"), ...){
  obj <- fortify(object, axes = axes, ...)
  obj <- obj[obj$Score %in% layers, , drop = FALSE]
  want <- obj$Score %in% c("species", "sites")
  obj[want, , drop = FALSE]
}

有了这个，我们就可以生成我们想要的任何图，使用适当的映射而不是层单独的映射

dune.plot.data <- ggvegan_data(dune.dca)
p <- ggplot(data = dune.dca, aes(x = DCA1, DCA2, colour = Score)) + 
  geom_point() + 
  geom_text(aes(label = Label), nudge_y = 0.3)
p

这给了我们我希望是你想要的输出