python - mha 脑肿瘤文件中的图像数据

Question

我有一个 MHA 文件，当我写

from medpy.io import load
image_data, image_header = load("HG/0001/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair.684.mha")
print(image_data.shape)

我得到一个元组 (160, 216, 176)。这些尺寸代表什么（作为参考，这些是 BRATS 2013 的脑肿瘤图像）？感谢您的帮助。

编辑：在 Jupyter 上让滑块工作我做了

import matplotlib.pyplot as plt
from ipywidgets import interact
import numpy as np
%matplotlib inline

@interact(x=(0, image_data.shape[2]))
def update(x):
    plt.imshow(np.flip(image_data[x].T, 0))

但当然你的代码可能适用于其他编辑器

标签： pythonmedicalmedical-imaging

Answer 1

根据文档， load(image) “加载图像并返回ndarray图像的像素内容以及标题对象。”

再往下medpy.io.load说，image_data 是“图像数据为 numpy 数组，顺序为 x,y,z,c。”。

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编辑：因为我有点想看看这个文件中到底有什么，我整理了一个快速脚本（主要基于滑块演示）来看看。我会把它留在这里，以防它对某人有用。（单击“图层”滑块以选择要绘制的 z 坐标。）

from medpy.io import load

image_data, image_header = load("/tmp/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair.684.mha")

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.widgets import Slider, Button, RadioButtons

fig, ax = plt.subplots()
plt.subplots_adjust(bottom=0.25)

axlayer = plt.axes([0.25, 0.1, 0.65, 0.03])
slider_layer = Slider(axlayer, 'Layer', 1, image_data.shape[2], valinit=1, valstep=1)

def update(val):
  layer = slider_layer.val
  ax.imshow(image_data[:,:,layer])
  fig.canvas.draw_idle()

slider_layer.on_changed(update)

ax.imshow(image_data[:,:,0])

plt.show()

（这间接证实了image_data拥有 3-D 体素图像。）