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r - 将 R 转换为宽格式，并根据列中的值进行排列

问题描述

我有一个表格，其中包含来自各种样本（“sample1”等）的数据，其中进行了几种类型的测量（A 到 C）。每次测量给出 3 个值：浓度、最大值和最小值。

my.sample <- c("sample1", "sample1", "sample2", "sample2", "sample3")
type <- c("A", "B", "A", "C", "C")
concentration <- c(12, 5, 7, 10, 14)
max <- c(13, 6, 7, 11, 15)
min <- c(11, 4, 6, 9, 13)

mydata <- data.frame(my.sample, type, concentration, max, min)

> mydata
  my.sample type concentration max min
1   sample1    A            12  13  11
2   sample1    B             5   6   4
3   sample2    A             7   7   6
4   sample2    C            10  11   9
5   sample3    C            14  15  13

我想将此数据转换为一个新表，其中每个样本只有一行。这意味着为每种测量类型创建 3 列（浓度、最大值、最小值），并在列中指示测量类型。缺失值应定义为NA。这是我想要获得的结果的示例：

A_concentration <- c(12, 7, NA)
A_max <- c(13, 7, NA)
A_min <- c(11, 6, NA)

B_concentration <- c(5, NA, NA)
B_max <- c(6, NA, NA)
B_min <- c(4, NA, NA)

C_concentration <- c(NA, 10, 14)
C_max <- c(NA, 11, 15)
C_min <- c(NA, 9, 13)

mydata.new <- data.frame(my.sample.new, A_concentration, A_max, A_min, B_concentration, B_max, B_min, C_concentration, C_max, C_min)

> mydata.new
  my.sample.new A_concentration A_max A_min B_concentration B_max B_min
1       sample1              12    13    11               5     6     4
2       sample2               7     7     6              NA    NA    NA
3       sample3              NA    NA    NA              NA    NA    NA
  C_concentration C_max C_min
1              NA    NA    NA
2              10    11     9
3              14    15    13

有没有一种方法可以根据条件扩展数据并 type在列名中包含一个值（此处： from ）？我的真实数据集中有更多类型，因此理想情况下它应该是可推广的。

标签： rdplyrpivot

解决方案

这有效：

library(dplyr)

mydata %>% 
  pivot_wider(id_cols = my.sample, names_from = type, values_from = c(concentration, max, min), names_glue = "{type}_{.value}") %>% 
  select(my.sample, starts_with("A"), starts_with("B"), starts_with("C"))

这给了我们：

# A tibble: 3 x 10
  my.sample A_concentration B_concentration C_concentration A_max B_max C_max A_min B_min C_min
  <chr>               <dbl>           <dbl>           <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 sample1                12               5              NA    13     6    NA    11     4    NA
2 sample2                 7              NA              10     7    NA    11     6    NA     9
3 sample3                NA              NA              14    NA    NA    15    NA    NA    13

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