r - 工具 subset_taxa 的错误代码;dimnames(x) <- dn 中的错误:“dimnames”[1] 的长度不等于数组范围
问题描述
我使用库 phyloseq 将 .biom 数据加载到 R 中。
Data2020 <- import_biom("XXX")
mapfile2020 <- import_qiime_sample_data("XXX")
tree <- read_tree("XXX")
mydata <- merge_phyloseq(Data2020, mapfile2020, tree)
colnames(tax_table(mydata)) <- c("Kingdom", "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", "Species")
ps <- mydata
ps1 <- subset_taxa(ps, Phylum != "NA")
我想要的数据的子集。
WRB_data <- subset_samples(ps1, Site=="WRB")
然后尝试按分类群进行子集。
WRB_data2 <- subset_taxa(WRB_data, Phylum=="Acidobacteria")
总是导致这个错误。请帮忙!?
Error in dimnames(x) <- dn : length of 'dimnames' [1] not equal to array extent
解决方案
没有数据很难验证,但看起来 . 中没有酸杆菌门的分类群WRB_data
。
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