rna-seq - MarkDuplicates Picard
问题描述
我正在使用 Picard 仅标记我阅读了 MarkDuplicates 手册的光学副本。我的脚本看起来像这样
#!/usr/bin/bash
java -jar build/libs/picard.jar MarkDuplicates \
I=sorted.bam \
O=mark_opticalduplicate.bam \
MAX_OPTICAL_DUPLICATE_SET_SIZE=300000 \
TAGGING_POLICY=OpticalOnly \
M=markedoptical_dup_metrics.txt
当我使用 samtool 标志 0x400 时,我不确定我是否只得到光学副本,此时的任何建议都非常感谢。
解决方案
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