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grep - 如何计算或查看序列中的未知奇数字符？

问题描述

我有用于我的 Linux 教程的序列数据，我必须完成这样的活动。（是否有任何序列包含非核苷酸（除了 A、C、G、T 或 N）？我必须寻找与常规碱基不同的字符。我知道我正在寻找的字符在那里，因为我运行命令以查找奇数字符“n/N”并看到其他奇数字符。

grep -v $'sequence' filename.fasta |  grep -i $'n'

输出：

GAGGnCGATCCTGAACTCGTGGAGGAGCCAGTAGTGTGGC
PGQLMNARXNDSPGCGGCTTTTTGCCTCAGTGAATCTCTG
CGCTAGAATGCTTGTTAATNCCGTTTGCTGTAAACCTAAC

所以我现在知道除了 n/N 之外还有其他奇数字符，问题是要弄清楚我们的命令会在序列。

这是我使用 Linux 的第一周，请善待。

标签： grepsequence

解决方案

如何计算或查看序列中的未知奇数字符？
（奇怪的意思是不是 A、T、G、C、N 的字符）

要 grep 这些字符，您可以使用否定字符类：... | grep '[^ACGTN]'

要查看这些颜色的字符，您可以使用... | grep --color '[^ACGTN]'

要计算具有此类字符的行数，您可以使用... | grep -c '[^ACGTN]'

要计算所有这些字符，您可以使用... | grep -o '[^ACGTN]' | wc -l

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