r - 如何解决指出 sce 不是数字的 addPerCellQC 错误？

Question

我正在研究 R 分析单细胞 RNA seq 数据。我目前正在尝试将 QC 数据添加到我的 SingleCellExperiment (sce) 对象中；mito_genes、ribo_genes 和 ERCC_genes 包含那些特定基因的行位置，由

mito_genes <- grep("^mt-", rownames(sce))

ribo_genes <- grep("^Rp[ls]", rownames(sce))

ERCC_genes <- grep("^ERCC-", rownames(sce))

将 QC 数据添加到 colData 的代码

sce <- addPerCellQC(sce, subsets=list(Mito = mito_genes, Ribo = ribo_genes, ERCC = ERCC_genes))
colData(sce)

我得到的错误：Error in base::colSums(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : 'x' must be numeric

在我看来， sce 本身可能有问题，因为 perCellQCMetrics(sce) 返回相同的错误。我之前生成了 sce 并将 Indexsort 数据附加到另一个实验。但是，我以前没有遇到过这个错误。我已经尝试重新加载所有内容等。

谢谢你的帮助！

标签： rbioconductor

Answer 1

错误是在我的索引排序矩阵中留下了一个省略的非数字列，然后导致 sce 对象被识别为非数字。