python - 在 6 周前运行良好的代码中遇到新的 numpy 溢出

Question

我定期使用称为 mordred-descriptor 的分子描述符计算器。我上次运行它时（2021 年 1 月 11 日）它运行良好（工作完成且没有错误）。

错误参考是 numpy\core\fromnumeric.py:1897: RuntimeWarning:overflow遇到reduce return um.multiply.reduce(a, axis=axis, dtype=dtype, out=out, **kwargs)

我从 2021 年 2 月 22 日开始，在 3 台不同的机器上（2 台 Win 10 64 位和 OSX 10.14）。

在所有机器上，代码都在通过 Anaconda3（使用 conda）创建和访问的环境中运行。Anaconda 导航器版本 1.9.2、1.9.12 和 1.10。我在每台机器上有多个环境，在 python 3.7 中，每台机器上至少有 2 个环境可用。

现在所有机器都出现问题，无论环境是否已更新（据我所知）。我发现没有办法恢复以前无错误的执行。2019 年 11 月，一位用户在 mordred github 网站的“问题”页面上报告了此问题。该问题的第二次报告已在 2021 年 2 月 11 日的页面上进行。在 github 页面上没有解决问题的回复。

我在 python 3.7 中尽可能地降级了 numpy，对于 pandas 也是如此。并从头开始创建新环境。

在我使用 mordred 的几年中，需要修复一些错误，但这些情节结果很好（例如，当 ix 在 pandas 中被弃用时，在几行代码中将 ix 替换为 iloc（或 iat））。

我绝不是 python 专家，但我使用 mordred 学到了一些东西。这个让我难住了。

Conda 为 2 台机器配置了自动更新，为 1 台机器配置了自动更新，但对于这个问题没有任何影响。

我不确定我应该在哪里寻找，所以我希望比我更了解的人会提供帮助。

谢谢，

plkx

标签： pythonnumpy