python - 如何在 vs 代码中使用 sysargv 模块？

Question

我一直在尝试根据分子与参考分子的结构相似性来过滤分子数据库，但脚本无法正常工作，因为 od 警告“发生异常，请使用 %tb 查看完整回溯。” 我在 vs 代码中使用 jupyter notebook。

有问题的行是： if len(sys.argv)!=5 :
sys.exit("usage : python tetheredMinimization.py reference.sdf output1.sdf outputtethered.sdf outputnontethered.sdf")

import sys 
from rdkit import Chem 
from rdkit.Chem import AllChem 
from rdkit.Chem import rdFMCS 
from rdkit.Chem.rdMolAlign import AlignMol

如果 len(sys.argv)!=5 :
sys.exit("用法：python tetheredMinimization.py reference.sdf output1.sdf outputtethered.sdf outputnontethered.sdf")

ratioThreshold=0.20

参考 = Chem.MolFromMolFile(sys.argv[1], removeHs=True)
配体 = Chem.SDMolSupplier(sys.argv[2],removeHs=True)

w=Chem.SDWriter(sys.argv[3]) wnt=Chem.SDWriter(sys.argv[4])

标签： pythonvisual-studio-codejupyter-notebookrdkit

Answer 1

如果您使用 Jupyter，您可能不想使用sys.argv，这通常用于检索命令行参数。在 Jupyter 中使用时，您很可能会得到用于启动 IPython 的参数，这也可能不满足len(sys.argv) == 5. 而不是使用它，只需在代码中定义您的参数并将您使用sys.argv过的所有位置替换为正确的变量。