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r - 如何根据地理距离拆分 vegdist 矩阵以执行 Mantel 或 MRM 分析？

问题描述

我正在使用 vegan Mantel 和部分 Mantel 测试来推断这两个矩阵之间的相关性。由于我的距离范围从 0 到 400 公里，我想将这些矩阵分成两组：

  1. Mantel 比较 A 和 B 从 0 到 114 公里（莫兰 I 自相关的阈值）；
  2. Mantel 比较 A 和 B 从 >114 到 400 公里。

提前致谢！

这是我正在使用的代码：

setwd("~/Desktop")
library(vegan)
tax <- read.table(file="tax.csv", header=T, row.names=1, sep=";")
geo <- read.table(file="geoc.csv", header=T,  row.names=1, sep=";")

# Distance calculations
tax.dist <- vegdist(tax, method="bray")  # to transform the matrices into Bray-Curtis distance
geo.dist <- vegdist(geo, method="euclidean")

# Mantel test
mantel(geo.dist, tax.dist, method="pearson", permutations=1000) # to perform mantel test

# Plot Mantel correlogram
plot(geo.dist, tax.dist, xlab="Geographic Distance", pch=20, cex=0.8, ylab="Bray-Curtis Dissimilarity") 
abline(lm(tax.dist~env.dist), lwd = 2, col = "red") # to plot the line

标签： rveganvegdist

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