r - 我将如何在具有字母列表的数据集中查找特定的字母序列？

Question

如果这是一个简单的问题，我对 R 很陌生，很抱歉。我基本上有一个包含字母列表的数据集。我将如何查找是否存在诸如“agtggt”之类的特定字母序列，如果存在，它们中有多少存在？

我试图用 ifelse 函数做一些事情：

ifelse("a" %in% chain,"yes","no" )

我的方法是基本上告诉 R 找到“a”，如果找到，找到“g”，如果找到，找到“t”，等等。这种方法是否正确？

标签： r

Answer 1

也许你可以试试grepl

c("no","yes")[1+grepl("agtggt",chain)]

如果你想知道有多少"agtggt"存在chain，你可以试试

length(regmatches(chain,gregexpr("agtggt",chain))[[1]])