r - 在 R 中生成实验设计数据

Question

我有一个随机区组设计实验，我们想在其中测试 10 种治疗方法（8 种基因型 + 2 种对照）。

它的结构如下：

9 个站点，每个站点内有 4 个区块（重复），每个区块内有 10 个小区，每个小区内有 144 个给定处理（基因型）的个体。

我想生成如下数据集：

注意：随机分配处理到每个块内的地块。

Site <- LETTERS[1:6]
Block <- LETTERS[1:4] ## For each Site
Plot <- paste(rep("P",10),seq(1,10,1),sep="_") ## For each Block 
Trt <- c(LETTERS[1:8],rep("control",2)) ## 10 Treatments within each block
id <- seq(1,144,1) ## for each Plot
observation <- runif(n=144,min=1, max=4) ## repeated for each treatment, each block,and each site.

data.frame(Site,Block,Plot,Trt,id,observation)

知道这段代码会抛出一个错误，我想对于同一个站点，所有块级别，对于同一个块，所有地块级别及其对应的处理，以及对于同一个地块，所有 id 标签及其相应的观察结果。

非常感谢

标签： rdataframedatasetbioinformaticsexperimental-design

Answer 1

我想你可能正在寻找expand.grid：

Site <- LETTERS[1:6]
Block <- LETTERS[1:4] ## For each Site
Plot <- paste(rep("P",10),seq(1,10,1),sep="_") ## For each Block 
data <- expand.grid(Site = Site, Block = Block, Plot = Plot)
data$Trt <- sample(c(LETTERS[1:8],paste0("control",1:2)), nrow(data), replace = TRUE)
data