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r - R Shiny App 在 60 秒内超时，即使在 conf 文件中传递了 app_init_timeout 设置后也是如此

问题描述

我尝试将我的 R 闪亮应用程序容器化，该应用程序使用 docker 连接到 sql server 映像。如果我将其指向较小的数据集，该应用程序会加载一些初始数据并且工作正常，如果我在初始化步骤中加载大型数据集，该应用程序就会开始给我一个超时。实际的错误信息是

应用程序无法启动。

应用程序在初始化期间退出。

我查看了R 文档，发现关于app_init_timeout每个应用程序的默认超时时间为 60 秒，可以通过设置此参数来增加，因此我将超时参数设置为 1800 秒，但不幸的是它对我的应用程序没有影响，并且在之后超时通常的 60 秒。

我正在尝试将自定义的 server.conf 复制到etc/shiny-server/shiny-server.conf我指定增加的app_init_timeout如下：

run_as shiny;
# Define a top-level server which will listen on a port
server {
  # Instruct this server to listen on port 3838
  listen 3838;
  
  # Define the location available at the base URL
  location / {
    site_dir /srv/shiny-server;
    log_dir /var/log/shiny-server;
    directory_index on;
    # Increase the timeout of the app
    app_init_timeout 3600;
    app_idle_timeout 3600;
  }  
}

我的码头文件是

FROM  rocker/shiny-verse

#update all packages
RUN apt-get update

#upgrade
RUN apt-get upgrade -y

#install additional packages
RUN apt install gpg-agent -y unixodbc apt-utils curl

#get msodbcsql17 and install it
 RUN curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add -
 RUN curl https://packages.microsoft.com/config/ubuntu/18.04/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list
 RUN apt-get update -y
 RUN ACCEPT_EULA=Y apt-get install -y msodbcsql17 


RUN apt-get install tcl8.6 tk8.6 -y
#RUN curl -o Rtools.exe https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/Rtools35.exe
#rename SQL Driver title in odbcinst file
RUN sed -i 's/ODBC Driver 17 for SQL Server/SQL Server/' etc/odbcinst.ini


#install packaes needed for running the app
RUN R -e "install.packages(c('shiny'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinydashboard'))"
RUN R -e "install.packages(c('dbplyr'))"
RUN R -e "install.packages(c('odbc'))"
RUN R -e "install.packages(c('sqldf'))"
RUN R -e "install.packages(c('gsubfn'))"
RUN R -e "install.packages(c('proto'))"
RUN R -e "install.packages(c('randomForest'))"
RUN R -e "install.packages(c('plotly'))"
RUN R -e "install.packages(c('DT'))"
RUN R -e "install.packages(c('plyr','dplyr'))"
RUN R -e "install.packages(c('data.table'))"
RUN R -e "install.packages(c('tidyr'))"
RUN R -e "install.packages(c('lubridate'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinycssloaders'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinyjs'))"
RUN R -e "install.packages(c('stringr'))"
RUN R -e "install.packages(c('stringi'))"
RUN R -e "install.packages(c('shinyFiles'))"
RUN R -e "install.packages(c('DBI'))"
RUN R -e "install.packages(c('readxl'))"
RUN R -e "install.packages(c('installr'))"
RUN R -e "install.packages(c('smbinning'))"

#copy app to image
COPY app/ srv/shiny-server/app

COPY shiny-server.conf/ etc/shiny-server/shiny-server.conf

如果我遗漏任何东西，请告知。非常感谢。

标签： rdockershinyshiny-servershinyapps

解决方案

我在使用 Docker 在优秀的 DigitalOcean 应用程序服务上部署闪亮的应用程序时遇到了类似的问题。我使用的解决方法是强制应用每 10 秒在后台执行一次操作。这样做的缺点是它可能永远不会超时......但这应该根据 DO 应用程序是短暂的这一事实进行排序，因此非活动会话应该结束（我认为......）

（我从SO的其他地方借用了这段代码，不记得在哪里）

在 server.R 的底部...

  #Stop the app timing out
  autoInvalidate <- reactiveTimer(10000)
  observe({
    autoInvalidate()
    cat(".")
  })

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