python-3.x - Knime 的 Python 脚本节点无法识别 Windows 10 环境变量

Question

大家好，我现在在 Knime 分析平台工作。在这个平台上，他们有 python 脚本节点，如果需要，可以为工作流制作 python 代码。最近我正在研究需要进行多序列比对的工作流程。所以我决定用python来做，制作脚本，通过命令提示符调用MAFFT程序。所以我做了这个

import os
mafft = r'C:\Users\mafft\mafft-win\mafft.bat'
infile =r'C:\Users\***\Desktop\data.faa'
outfile = r'C:\Users\***\Desktop\data.fasta'  
os.system(r'cmd /c  "%s --auto %s > %s"' % (mafft, infile, outfile))

它返回错误，因为“cmd 不被识别为内部或外部命令....”我检查了我的环境变量并且没有问题，如果我在 Knime 之外运行相同的代码，它也可以正常工作而没有错误。然后我用它的完整路径名替换了'cmd'。在这个时候它返回不同的错误'chcp 不被识别为内部或外部命令......'如何解决或避免这种情况？

标签： python-3.xbiopythonknime