r - 基因表达和蛋白质表达之间具有Spearman相关系数的热图

Question

我有兴趣使用 Spearman 相关系数分析来关联 2 个变量，例如基因表达（基因符号和倍数变化）和蛋白质表达（基因符号和倍数变化），如图 A 所示（Int. J. Mol. Sci. 2018, 19 (12)，3836；https: //doi.org/10.3390/ijms19123836 )。我在网上搜索以查看相关代码，但这些代码给出了具有 Spearman 相关性的热图，具有相同的 X 和 Y 轴变量，如图 B 所示。（ggplot2：快速相关矩阵热图 - R 软件和数据可视化 - Easy Guides - Wiki - STHDA。我需要一个热图，显示来自 1 轴 (var 1) 上的基因表达数据和其他轴 (var 2) 上的蛋白质表达的变量。提前致谢！！图片链接：https://community.rstudio.com/t/heatmap-with-correlation-coefficient/100543

标签： rheatmapcorrelation

Answer 1

这对你有用吗？该示例取自对 heartmaply 包的介绍。

library(dplyr)
library(heatmaply)
library(dendextend)

x  <- mtcars %>%
  head() %>%
  as.matrix()

row_dend  <- x %>% 
  dist %>% 
  hclust %>% 
  as.dendrogram %>%
  set("branches_k_color", k = 3) %>% 
  set("branches_lwd", c(1, 3)) %>%
  ladderize
# rotate_DendSer(ser_weight = dist(x))
col_dend  <- x %>% 
  t %>% 
  dist %>% 
  hclust %>% 
  as.dendrogram %>%
  set("branches_k_color", k = 2) %>% 
  set("branches_lwd", c(1, 2)) %>%
  ladderize
#    rotate_DendSer(ser_weight = dist(t(x)))

heatmaply(
  percentize(x),
  Rowv = row_dend,
  Colv = col_dend
)