r - 从 R 中 pheatmap 中未选择的行名中删除 NA
问题描述
我有一组我想绘制的选定基因,我已重命名。但是在绘制它们时,我也得到了未选中的 NA。我怎样才能删除仅绘制我选择的基因的 NA?
library(pheatmap)
set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
rownames(mat)[rownames(mat) == "g2"] <- "abc"
rownames(mat)[rownames(mat) == "g4"] <- "pqr"
rownames(mat)[rownames(mat) == "g6"] <- "zzz"
selected_genes <- c("abc","pqr", "zzz")
obj = pheatmap(mat,cluster_rows = T, scale = 'row', show_rownames = T, labels_row = selected_genes)
我已经看到您还可以执行以下操作:
labRow <- c(row.names(mat)[1], rep('', length(row.names(mat))-2)) # Selected row2 as example
pheatmap(mat,cluster_rows = T, scale = 'row', show_rownames = T, labels_row = labRow)
解决方案
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