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python - 如何使用 SimpleITK 从 MR 图像中分割白质？

问题描述

谁能帮我理解下面的代码？最大的想法是识别 MR 图像（灰度）中的白质并用绿色突出显示它。但是我看不到这项工作是如何完成的，SimpleITK 的文档也不容易阅读。

import SimpleITK

# Step 1: segment white matter from MR image 'imgSmooth'
imgWhiteMatter = SimpleITK.ConnectedThreshold(image1 = imgSmooth,
                                              seedList = [(150,75)],
                                              lower = 130, upper = 190,
                                              replaceValue = 1
                                            )

# Step 2: manipulate 'imgSmooth' so as to prepare for the overlay
imgSmoothInt = SimpleITK.Cast(SimpleITK.RescaleIntensity(imgSmooth), 
                              imgWhiteMatter.GetPixelID()
                             )

# Step 3: overlay manipulated 'imgSmooth' with 'imgWhiteMatter'
imgHightlight = SimpleITK.LabelOverlay(imgSmoothInt, imgWhiteMatter))

我至少有这些问题：

  1. 白质在哪一步以绿色突出显示？还是自动决定的？
  2. 本教程说SimpleITK.RescaleIntensity()将 RGB 转换为 0-255 范围，但“imgSmoothInt”的数组主要由 2 到 5.5 的数字组成，而“imgSmooth”的数组从 0 到 4。
  3. 做什么SimpleITK.Cast()？
  4. imgWhiteMatter.GetPixelID()返回 1，但我不明白这意味着什么以及它在第 2 步中扮演的角色。它是否指定了一些内容以使“imgSmoothInt”与“imgWhiteMatter”兼容？

标签： pythonimage-processingimage-segmentationsimpleitk

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