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r - 使用从标头中提取的信息重命名 R 中的标头

问题描述

如何根据当前标题中的信息重命名 R 中的标题？

我的 df 看起来像：

标题：（索引；d__Bacteria.p__Actinobacteriota.c__Actinobacteria；d__Bacteria.p__Bacteroidota.c__Bacteroidia）

第 1 行：（BF13A；0；14572）

第 2 行：（BF13B；0；24215）

ETC

我想用分类信息 (d__Bacteria.) 重命名列，使其只有 c__ 之后的信息

标题：（索引；放线菌；拟杆菌）

第 1 行：（BF13A；0；14572）

第 2 行：（BF13B；0；24215）

等等。

顺便说一句，我的分类信息列多于两列，因此此类解决方案也适用于更大的 df。

标签： rqiime

解决方案

您可以使用 重命名列tidyverse。像下面这样的东西，

library(tidyverse)
df %>% 
  rename(
    Actinobacteria = d__Bacteria.p__Actinobacteriota.c__Actinobacteria,
    Bacteroidia = d__Bacteria.p__Bacteroidota.c__Bacteroidia
    )

这也可以使用基本函数来完成

names(df)[names(df) == "d__Bacteria.p__Actinobacteriota.c__Actinobacteria"] <- "Actinobacteria"
names(df)[names(df) == "d__Bacteria.p__Bacteroidota.c__Bacteroidia"] <- "Bacteroidia"

您可以像这样修改旧名称，而不是设置新的列名

new_df <- df  %>% 
  setNames(substring(names(.),regexpr(".c_", names(.)) + 4)) 
> colnames(new_df)
[1] "Actinobacteria" "Bacteroidia"

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