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r - RScript - ggplot() 和 ggsave() 循环不遍历列表

问题描述

我正在尝试使用带有 ggplot() 和 ggsave() 的循环来使用以下代码从单独的数据框列表中创建一组图：

temp2 = list(gsub("*.txt.out$", "", list.files(pattern="*.out")))
for (i in 1:length(temp2)) {
    Eg_cluster = temp2[[i]]
    df = data.frame(eval(parse(text = Eg_cluster)))
    myplot = ggplot(df, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene)) +
        geom_gene_arrow() +
        facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 3) +
        scale_fill_brewer(palette = "Set3") +
        theme_genes() + ggtitle("snoRNA Cluster ", Eg_cluster)
    ggsave(file = print(paste0(Eg_cluster, ".pdf")), plot = myplot, device = "pdf")
}

代码成功地从列表中的第一个数据框中输出了第一个图，但循环似乎没有遍历列表并在 ggsave 中生成其余图。有没有人知道为什么其余的情节没有输出？

提前谢谢了！

标签： rloopsggplot2

解决方案

您正在将 temp 2 设为长度为 1 的列表。

temp2 = gsub("*.txt.out$", "", list.files(pattern="*.out"))

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