exception - Snakemake-歧义规则异常

Question

我收到如下错误消息：规则 base_quality_control_fetal 和 base_quality_control 对于文件 /data/Fetal_BW_European.txt.gz 不明确。考虑使用唯一前缀开始规则输出、限制通配符或使用 ruleorder 指令。通配符：base_quality_control_fetal：ifetal_basedata=Fetal_BW_European base_quality_control：ibase_data=Fetal_BW_European 预期输入文件：base_quality_control_fetal：1-basedata-fetal.sh /data/Fetal_BW_European_meta-NG2019.txt.gz base_quality_control：1-basedata.sh /data/NG2019.European_met .gz 预期输出文件： base_quality_control_fetal: /data/results/Fetal_BW_European_meta-NG2019.txt.gz base_quality_control: /data/results/Fetal_BW_European_meta-NG2019.txt.gz 这是代码

但我实际上是 2 个不同的规则并产生不同的输出文件。我犯了一些错误吗？请帮我检查一下。提前致谢！

问候，吴

标签： exceptionrulessnakemakeambiguous

Answer 1

该消息是不言自明的：有两个不同的规则可以生成相同的文件：config["output_path"] + base_data/{ifetal_basedata}.txt.gz可以在两个规则中解析为相同的文件名。