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bowtie - kneaddata 和 bowtie2 错误：跳过读取

问题描述

我正在使用带有 bowtie2 的 kneaddata。使用带有 trimmomatic 选项的默认参数 (trimmomatic_options = MINLEN:12 SLIDINGWINDOW:4:15) 我的日志文件显示以下类型的警告重复多次：

Warning: skipping read '####' because length (1) <= # seed mismatches (0)
Warning: skipping read '####' because it was < 2 characters long

日志文件的结尾有以下信息：

7995997 reads; of these:
  7995997 (100.00%) were unpaired; of these:
    7506309 (93.88%) aligned 0 times
    333734 (4.17%) aligned exactly 1 time
    155954 (1.95%) aligned >1 times
6.12% overall alignment rate
pair1_aligned : 216036
pair2_aligned : 216036
orphan1_unaligned : 47096
orphan2_unaligned : 14117
orphan2_aligned : 43260
pair2_unaligned : 3722548
pair1_unaligned : 3722548
orphan1_aligned : 14356

我有以下问题：

  1. 这是否意味着我的阅读有问题？如果是这样如何找出来？
  2. 我应该避免使用修剪吗？您认为这会导致此处的读取被过滤掉吗？
  3. 我会在接下来的步骤中丢失这些读数吗？

标签： bowtie

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