r - seqff 脚本在 samtools 处理后出现问题

Question

我正在尝试通过使用此处的 seqff 脚本来研究胎儿分数。该指令说我需要一个无头 sam 文件才能工作，因此在与 对齐后bwa，我使用以下方法处理我的 sam 文件samtools：

samtools view -S -q 20 target.sam > treated.sam

由于没有参考文件，此过程还会删除 @SG 标头。我还使用grep删除对齐后得到的 target.sam 的标题以进行比较。然而，当我比较时，我注意到对处理的.sam 的 ENet 计算返回了 NA 结果，因此该脚本中计算胎儿分数的方法的一半已经消失。

我已经在多种情况下对其进行了测试，似乎没有使用samtools，脚本运行良好，但samtoolsEnet calculaton 不起作用。有人可以告诉我脚本有什么问题吗？

我正在使用 R 4.0，我对脚本所做的所有修改都在 args 上，因为它无法识别我输入的 args。

标签： rbioinformaticssamtools