barcode - 是否有任何脚本可以处理多个带有冗余条形码的 RADseq 板？

Question

我正在对 3 个 RADseq 数据板进行 ipyrad 分析，但条形码是多余的（每个板重复使用同一组 96 个条形码）。我希望一起分析所有 3 个板块，但不确定如何在 ipyrad 中做到这一点。或者是否需要添加额外的条码才能为 288 个样本获得 288 个唯一的左右条码。

Fastq 序列标识符：@MG01HX02:1030:HCTKYCCX2:8:1101:8410:1432 1:N:0:NTAACGAC+NCTATACC

标签： barcodefastq

Answer 1

如果有人有类似的问题，我学会了如何做到这一点。分别为每个板运行 ipyrad 步骤 1，以根据正确的条形码文件分配唯一 ID。确保所有这些输出都在同一个文件夹中。从第一步（到第 7 步）重新运行 ipyrad，但引用这个 fastqs 文件夹而不是初始 fastq 文件。