python - 测试套件失败后如何防止snakemake停止？

Question

我正在尝试使用snakemake自动化集成测试（我需要一些文件的输出，所以这似乎是一个很好的工具）。但是，当我需要在 pytest 中运行两个测试套件时，如果任一套件中的单个测试失败，工作流程就会停止。所以例如我有：

rule run_tests:
    run:
        commands = [
            "pytest test_that_should_fail",
            "pytest test_that_should_succeed"
        ]
        for c in commands:
            shell(c)

而且我需要后一个测试应该失败的测试输出。运行“pytest test_that_should_fail”后有没有办法防止蛇形停止？此外，snakemake 在没有任何错误消息的情况下停止，只是一个通用的：“规则 run_tests 中的错误：jobid：0”

标签： pythonpytestsnakemake

Answer 1

你可以这样写：

commands = [
   "pytest test_that_should_fail || true",
   "pytest test_that_should_succeed || true",
]

然后shell命令将有退出代码0，这意味着成功，从而继续执行其他命令。

编辑：

这是解决问题的一种简单方法，不是@bli 指出的最干净也不是最惯用的方法。