时间戳

首页 > 解决方案 > Conda：如何从日志（不是 yaml）将包添加到环境中？

environment - Conda：如何从日志（不是 yaml）将包添加到环境中？

问题描述

我正在实习（= 是的，我是新手）。我的主管告诉我要创建一个 conda 环境。她递给我一个包含许多包的日志文件。

快速的 qwant.com 搜索向我展示了如何通过

conda env create --file env_file.yaml

但是，我提供的文件不是 yaml 文件，其结构如下：

# packages in environment at /home/supervisors_name/.conda/envs/pancancer:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main
bedtools                  2.29.2               hc088bd4_0    bioconda
blas                      1.0                         mkl
bzip2                     1.0.8                h7b6447c_0

该文件包含 41 个包 = 44 行，包括上面的注释。为了简单起见，我只展示了前 7 个。

  1. Appart from 添加env name（- 见下面的 2.） 有没有办法使用该文件来生成带有包的环境？

我运行 cmd 使用

conda env create --file supervisors.log.txt

SpecNotFound: Environment with requirements.txt file needs a name
  1. 我应该把名字放在文件的什么地方？

标签： environmentminiconda

解决方案

好吧，所以，他们似乎给你的输出conda list而不是由 conda 生成的 .yml 文件conda env export > myenv.yml。因此，您有两种解决方案：

  1. 您要求正确的文件，然后继续使用 conda 内置管道安装 env

  2. 如果您对正确的文件没有任何访问权限，则可以执行以下操作之一：

    i) 用 python 解析成适当的 .yml 文件，然后执行 conda 程序。

    ii) 做一个 bash 脚本，下载她给你的文件中列出的包。

这就是我个人将如何进行的:)

推荐阅读