r - 快速合并两个data.tables - 并行化或data.table

Question

我正在尝试合并两个 data.tables，它们的长度都在 60-80 百万行左右。我知道 data.table 已经构建，因此它非常擅长合并，但我想知道这种大小的数据是 data.table 仍然比潜在地并行化它更有效，特别是因为我可以访问计算集群。

这就是我目前正在做的事情。

setorder(fcc_temp, BlockCode)
setorder(BlockCode, block_fips)
fcc_temp[block_data_long, c("pop", "tract") := list(pop, tract), 
           on = c(BlockCode="block_fips", year="year")]

标签： rdata.table

Answer 1

从您的示例中，我们看不到数据类型之类的详细信息。

data.table 连接当前是单线程的。它的一些小部分使用多个核心，但这是 AFAIR 仅在连接列中查找顺序。计算匹配在单线程中进行。

请记住，并行化连接并非微不足道，并且不会像许多其他操作那样扩展，因此在分组方面的潜在收益要小得多。

无论如何，这种计算匹配仍然非常快。我们运行一个基准来比较连接，其中一个问题（问题 5）是“从大到大连接”，这似乎与您的场景相对应。https://h2oai.github.io/db-benchmark/ 下面是加入任务的100M数据大小。Q5 是 100M LHS 到 100M RHS 的连接：

您可以看到 data.table 几乎位于顶部。请注意，我们在那里加入单个整数列，因此您加入两列的方案可能会有所不同。Benchmark 没有考虑对数据进行预排序的可能性。尝试在您的表上使用setkey（而不是setorder）按连接列对它们进行排序。公平地说，我相信击败这种设置可能并不容易。

在未来的版本中，join 的计算匹配也将被并行化，其草稿已经在存储库中。